400 odası bulunan haremde bin 200'e yakın kişinin yaşadığı oluyordu. Harem'de 2010'dan beri restorasyon sürüyor. Yaklaşık 100 milyon liraya mal olması düşünülen restorasyonlarda 1940'lı yıllarda yapılan betonarme müdahaleler tek tek temizleniyor

Harem restorasyonları sırasında zemindeki ahşap döşemeler kaldırıldığında ve eskimiş dolapların onarımı sırasında yüzyıllara meydan okuyan ilginç buluntularla karşılaşıldı. Uzmanlar tarafından döşeme altından çıkan toz elenince 2. Mahmud tuğralı altın-gümüş yüzden fazla sikke bulundu. Ayrıca süs takısı olarak yüzük, küpe, kolye parçaları ile makas, anahtar, iğne, düğme gibi günlük kullanım eşyalarına rastlandı.

Yine dolap arkalarına düşmüş kumaş parçaları, terlik tekleri, işlemeli elbise parçaları çıkarıldı. Buluntular arasında mektuplar, muskalar, tılsımlı yazılar ve vefklere (büyü) rastlanıldı. Üstünde anahtarı bile hâlâ duran ve içinde bir takım Arapça yazıların olduğu muskanın kime hangi amaçla yapıldığı ise bilinmiyor. İçinde kesilmiş tırnak ve bir adet diş ile birlikte pamuğa sarılı halde bulunan bir büyü, kapı üstüne konmuş halde tespit edildi.

Buluntular içinde en ilginç olanları ise iki ayrı yerde bulunan mektup ve mektup zarfı oldu. Karaağalar Dairesi 3'üncü katta üzerinde Osmanlıca "Azimetlü, veliy'ül azim efendim hazretlerine" yazılı bir mektup zarfı bulundu. Hangi tarihte ve hangi sultana yazıldığı bilinmeyen zarf müzenin envanterine kaydedildi. Kızlar Ağası dairesinde üst katta bulunan odadaki dolabın döşeme altından çıkan mühürlü imzalı mektup ise Hicri 3 Cemazeyilev 1288 (21 Temmuz 1871) yılına aitti.