Marmaray vagonlarının ilk olarak dışı yıkama makinesi tarafından yıkanıyor. Daha sonra özel kıyafetlerini giyen ekipler ilk olarak vagonlarda bulunan kolçakları, koltukları ve tutma yerlerini dezenfektan maddelerle siliyor.
Vagonların zeminini de dezenfektan deterjanlarla silen ekipler, son olarak özel hazırlanan dezenfektan maddeyi vagonun içerisine sıkarak temizliği bitiriyor.