Futbola olan ilgisi küçük yaşlarından itibaren ailesi tarafından bilinen Messi, 1995 senesinde doğduğu şehrin önemli kulüplerinden Newell's Old Boys altyapısına gönderildi. Burada oynadığı oyun ile takım arkadaşlarından farklı bir geleceği olacağının sinyallerini veren Messi, sadece İspanya'nın değil, dünyanın en büyük kulüplerinden Barcelona'nın dikkatini çekti ve 2000 senesinde Barcelona altyapısına geçti.

Barcelona altyapısına geçtiği dönemde ailesiyle beraber Rosario'dan Barcelona'ya taşınan Messi, bu dönemde daha gelişmiş bir şehir olan Barcelona'da hormon tedavisi de görmeye başladı.

2000-04 yılları arasında Barcelona altyapısında bulunan Messi, tecrübe kazanması için Barcelona'nın üçüncü takımı olan Barcelona C ve ikinci takım olan Barcelona B'de birer sezon forma giydi.

Buralarda oynadığı oyunla Milli Takım çalışanlarının da dikkatini çekmeyi başaran genç forvet, 2004 senesinde Arjantin U-20 takımına çağrıldı.