Barcelona altyapısına geçtiği dönemde ailesiyle beraber Rosario'dan Barcelona'ya taşınan Messi, bu dönemde daha gelişmiş bir şehir olan Barcelona'da hormon tedavisi de görmeye başladı.

2000-04 yılları arasında Barcelona altyapısında bulunan Messi, tecrübe kazanması için Barcelona'nın üçüncü takımı olan Barcelona C ve ikinci takım olan Barcelona B'de birer sezon forma giydi.

Buralarda oynadığı oyunla Milli Takım çalışanlarının da dikkatini çekmeyi başaran genç forvet, 2004 senesinde Arjantin U-20 takımına çağrıldı.

Barcelona pafta yeterince tecrübe kazandığı düşünülen Messi, ilk profesyonel sözleşmesini de 2004 senesinde Barcelona ile imzaladı.